臣“多属鸿博之士”，鼓励他们发挥余热，协助传播中原文化。

1674年，陈永华任东宁总制使。这时三藩叛乱，受耿精忠约，郑经率师伐清。郑经子郑克臧监国，陈永华于是协助女婿郑克臧总管台湾政务，遂遭冯锡范、刘国轩嫉恨排挤。1680年3月，陈永华自请解除兵权，因忧悒成疾，当年在台湾病逝。郑经亲临吊丧，谥文正。

陈永华死后，葬在今台南县柳营乡，后来清朝把他的骸骨迁葬回福建泉州，现存的仅是空冢。此外，民众为感念他的德泽，还设庙祭拜，就是今日台湾台南市中西区府前路上的“永华宫”;“永华路”同样也是为了纪念他而命名的。