元末天下大乱的朱元璋深知民间秘密宗教的威胁，他登上帝座后，在洪武三年禁“白莲社、明尊教、白云宗”等“左道”，后来更是把这一禁令写入了《大明律》。从此，明教作为一个独立宗教不存在了。但还有其信徒在活动，民间也有人照样供奉摩尼佛的偶像，但他们在行为方式上与道教和其他民间宗教已没有多大的差别——扶乩、求签、占卜、驱鬼之类。来自波斯的摩尼终于融入了中国民间信仰的万神殿。