昆明起兵反清，李本深不战举全省兵马主动归附吴三桂，受封黔中将军，镇守贵州阻断清军入滇通道。三藩之乱后期，清军收复贵州，他在康熙二十年被押送京师处斩。

《清圣祖实录》：康熙十二年十二月，吴三桂初叛，差往贵州料理军务郎中席卜臣疏报：逆贼吴三桂反，伪檄遍行云贵。贵州提督李本深，举兵从逆，遍谕所属各城文武，悉降贼。